http://w.livedoor.jp/donotforget/d/Android%20NDK
にかいてあるとおりなんだけど、どういうわけかうちの Windows の SDK は中途半端になっていたので再度入れ直して javah を確認。
NDK をダウンロードして zip で展開。

Window -> Preferences -> Android -> NDK で NDK のパスを指定。

jni のディレクトリは Project の右ボタンの Android tools -> Add Native Support
で作成される。指定した名前の cpp も作成される。

/cygdrive/c/Program\ Files/Java/jdk1.7.0_40/bin/javah.exe -classpath bin/classes -o jni/NNNLibrary_jni.h com.sinby.test.NNNLibrary

jni.h がみつからないので、cpp にパスを追加。これは ndk の include 。

I:\cygwin\opt\android-ndk-r9\platforms\android-18\arch-arm\usr\include


cygwin で NDK を展開したものだから .cmd に x が抜けている。ビルド時に

Cannot run program ndk-build

なので chmod +x ndk-build.cmd とする。
できた。できた。
NNNLibrary_jni.h は自動的に作られない。ant とかに書くとできるらしいが、いいやこのままで。